惑星LV-426のエイリアン殲滅後、生き残った者達は冷凍睡眠につき、宇宙船スラコ号で地球に向かっていたが謎の事故を起こす。スラコ号から切り離された脱出艇はフィオリーナ161（通称フューリー）で回収されたが、ヒックスやニュートは着陸の際に死亡、ビショップも機能を停止していた。この漂着先は流刑の星で凶悪な囚人達が戒律の元で自活的な生活をおくり、放射性廃棄物を収める鉛のコンテナを作る作業をしていた。唯一の女性であるリプリーの出現で惑星の秩序は一時乱れるが囚人頭であるディロンが事態を収拾する。そんな時、脱出艇に潜んでいたエイリアンが活動を始める。