国際機密企業チャーリー・タウンゼント社で特殊訓練を受けたエリート女性エージェント組織、通称“チャーリーズ・エンジェル“。彼女たちは世界各地に拠点を置き、平和を見守る天使＝“エンジェル“として隠密に活動している。ある日、巨大テクノロジー企業に勤める天才プログラマーのエレーナは、自身が開発したプロダクト＝新エネルギー源“カリスト“を会社が武器として軍事利用していることに気づき、エンジェルたちに調査を依頼。それがきっかけで、エレーナは命を狙われることに。“エンジェル“の司令塔ボスレーは、変装と潜入得意とするサビーナ、元MI６であらゆる武器を自在に操るジェーンと共に、エレーナを守りながら調査を開始。さらには彼女のハッキングスキルを高く評価し新たなエンジェルとしてスカウトする。新生チャーリーズ・エンジェルの誕生。ハンブルク、リオデジャネイロ、イスタンブール・・それぞれの特技を最大限に活用し、調査を進める彼女たちは行く先々で立て続けに危機に直面する。タウンゼント社に内通者か――？