横浜みなとみらいに出現したフュージョンを倒したプリキュアの話で、街はその話題で持ちきりとなっていた。しかし転校してきたばかりの坂上あゆみはいつもクラスから孤立していた。ある日あゆみは学校からの帰りに謎の生き物と出会う。彼女はこの生き物に「フーちゃん」と名付けて仲良しとなるが、この生き物はフュージョンのかけらだった。フーちゃんはあゆみを思うあまり、次第にあゆみの嫌いなものを飲み込んでいき、大きくなろうとし、ついには全てを消してリセットしようとしてしまう。あらゆるものが消失し混乱した街と、フーちゃんの暴走を悲しむあゆみを救うため、プリキュア達が立ち上がることとなる。