Mentre viatja en aigües enemigues, el Capità Fathom i la seva tripulació detecten una lectura anòmala de radioactivitat. Els submarinistes investiguen i descobreixen una enorme bomba al fons de l'oceà. Mentre Fathom subjecta un explosiu per destruir el dispositiu atòmic, el seu vaixell és atacat per un submarí enemic. Ordena a l'embarcació que fugi deixant enrere el Capità i el seu equip de bussos amb un subministrament d'oxigen cada vegada menor als tancs.